Pada 20 Juli 1998 PKS berdiri dengan nama awal Partai Keadilan (disingkat PK) dalam sebuah konferensi pers di Aula Masjid Al-Azhar, Kebayoran Baru, Jakarta. Presiden (ketua) partai ini adalah Nurmahmudi Isma’il.
Pada 20 Oktober 1999 PK menerima tawaran kursi kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan KH Abdurrahman Wahid, dan menunjuk Nurmahmudi Isma’il (saat itu presiden partai) sebagai calon menteri. Nurmahmudi kemudian mengundurkan diri sebagai presiden partai dan digantikan oleh Hidayat Nur Wahid yang terpilih pada 21 Mei 2000. Pada 3 Agustus 2000 Delapan partai Islam (PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, PSII 1905) menggelar acara sarasehan dan silaturahmi partai-partai Islam di Masjid Al-Azhar dan meminta Piagam Jakarta masuk dalam Amandemen UUD 1945.
Akibat UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (electoral threshold) dua persen, maka PK harus merubah namanya untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya. Pada 2 Juli 2003, Partai Keadilan Sejahtera (PK Sejahtera) menyelesaikan seluruh proses verifikasi Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah (setingkat Propinsi) dan Dewan Pimpinan Daerah (setingkat Kabupaten/Kota). Sehari kemudian, PK bergabung dengan PKS dan dengan penggabungan ini, seluruh hak milik PK menjadi milik PKS, termasuk anggota dewan dan para kadernya. Dengan penggabungan ini maka PK (Partai Keadilan) resmi berubah nama menjadi PKS (Partai Keadilan Sejahtera).
Di Jawa Timur, Partai Keadilan dideklarasikan pada Ahad, 20 September 1998. Saat itu, Rofi’ Munawar diberikan amanah memimpin sebagai Ketua Umum DPW PK Jawa Timur. Pada Pemilu 1999, Partai Keadilan memperoleh 1 Kursi DPR RI dari Jawa Timur dan 3 Kursi DPRD Kabupaten//Kota yakni di Kabupaten Magetan, Kabupaten Ponorogo, dan Kota Malang.
Pada Pemilu 2004, PKS Jawa Timur memperoleh 2 Kursi DPR RI dan 3 Kursi DPRD Provinsi. Pada Musyawarah WIlayah Tahun 2006, Ja’far Trikuswahyono dipercaya memimpin DPW PKS Jawa Timur hingga Tahun 2010.
Pada Pemilu 2009, PKS Jawa Timur kembali dipercaya dengan perolehan 6 Kursi DPR RI dan 7 Kursi DPRD Provinsi. Pada Musyawarah Wilayah Tahun 2010, PKS mempercayakan Hamy Wahjunianto sebagai Ketua Umum DPW PKS Jawa Timur, hingga akhir periode tahun 2015.
Pada Pemilu 2014, di tengah badai fitnah yang menghantam PKS, rakyat Jawa Timur masih memberikan kepercayaan kepada PKS dengan mendudukkan 2 Kursi DPR RI dan 6 Kursi DPRD Provinsi. Pada Musyawarah WIlayah ke-4 PKS Jawa Timur, terpilih Arif Hari Setiawan untuk menahkodai DPW PKS Jawa TImur periode 2015-2020.
